باشگاه استقلال جنوب تهران فعالیت های ورزشی خود به شکل عملی از سال 1369 در مناطق جنوب شهر تهران در رشته های فوتبال، کشتی، والیبال، بسکتبال، وزنه برداری، تکواندو، هندبال، ژیمناستیک دو میدانی و تنیس روی میز آغاز کرد. این باشگاه به صورت رسمی 1379 به شکل رسمی با مجوز اداره کل تربیت بدنی استان تهران در ثبت شرکت ها به شماره 14031 به ثبت رسید.

مهمترین فعالیت این باشگاه در رشته فوتبال و در رده های مختلف سنی بوده. این باشگاه هم اینک نیز با عنوانن استقلال جنوب تهران در مسابقات لیگ دسته سوم کشور حضوری فعال دارد. همچنین در لیگ برتر بانوان فوتبال نیز حضور دارد.